因为化脓性脑膜炎是由细菌引起的，所以大剂量的使用抗生素是非常重要的。一般医生会根据孩子感染的细菌选用敏感的药物。抗生素应早期、足量、静脉给予；并选择透入脑脊液浓度较高的抗生素，以杀菌剂为优选。规律、足量的使用药物是治疗的原则。一般认为，抗生素的应用至患儿的症状完全消失或基本消失；脑脊液检查结果正常后的两周左右。新生儿脑膜炎疗程一般不少于3-4周。减低颅内的压力，止住抽风，在治疗中也是很重要的。父母或家人要与医生配合，密切注意孩子的体温、饮食，当病情需要禁食的时候，绝不可擅自给孩子进食；还要给孩子勤翻身，防止褥疮的发生。
有些学者报道，在已存活的化脓性脑膜炎的孩子中可有30-40%的留有后遗症。一般而言，年龄越小，起病后未得到及时合理治疗的；感染的细菌量多，以及有肢体瘫痪、抽风的患儿则预后差、死亡率高、后遗症也重。常见的后遗症为智能低下、癫痫、脑积水、失明、失听、肢体瘫痪、脑神经麻痹、行为及性格障碍等主要是脑神经受损的症状。有的孩子可留有耳聋、抽风、瘫痪。有的孩子可发生硬膜下积液，这是指在大脑外边一种叫硬脑膜的下边出现一些带有细菌的液体。硬膜下积液可引起孩子体温不退，抽风。硬膜下积液多见于婴儿，可发生在化脑同时或出现症状数小时或数日之后，多见于起病7-10天。只有10-15％的硬膜下积液有临床症状。化脑病儿经过恰当治疗不见好转，或病情及脑脊掖改变逐渐好转时忽又出现发热、烦躁、意识障碍、头痛、喷射性呕吐及抽风，体征见前囱膨隆、颅骨缝裂开、头围增大，即应疑有硬膜下积液，遇此情况应及时进行颅透光检查，CT扫描，确认后进行前囱穿刺放液。
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