蒙药学有其独特的理论体系，用以指导药物的采集、加工、炮制、配方及临床应用，也较客观地解释了蒙药的治病原理。现简要介绍如下：
药味
药味是指药物对舌的刺激，各种药物都具有独特的味道。基本药味有甘、酸、咸、苦、辛、涩六种，不同的药味具有不同的功效。
甘味：在口中能长时间地停留，能引起食欲。能镇赫依、协日，升巴达干；接骨、壮骨、调和气血、滋补强身、增津、泌乳、清热解毒、助听明目。用于虚劳内伤、慢性消耗病、营养不良及年老体弱等病患者。如慢性病用肉、糖、油等补；肺痨用白葡萄、甘草、竹黄治之。用药过量，则使身体肥胖。
酸味：会使牙酸痒，口水外流。能镇赫依、巴达干，升协日；生温消食、开郁解痉、增进气血循环。多用于胃弱、消化不良、肠闷腹胀。如胃温衰弱用信筒子、食欲不振用山楂等。过量则使体质松弛、头晕眼花，易患血热症、胆病。
咸味：一接触舌头，口水会聚集。能镇巴达干、赫依、升协日；开郁、开胃、解痉、强壮、生温、增欲。多用于手足抽搐、便秘、腹胀、积聚、脉络阻塞、消化不良、风寒等症。如便秘用芒硝，消化不良用光明盐。过量则引起脱发、白发、咳嗽、烦渴等症。
苦味：能使口臭消失，引起反胃，有解渴感。能降协日，升巴达干、赫依；清热降火，解毒、消肿、解渴、镇静、燥腐。多用于温病、胆病、血热病、瘟疫、虫病及咽喉肿痛、中毒、恶心呕吐、烦燥不安等症。例如毒症用牛黄，协日热病用地格达等。用药过量，则损胃温，引起风、寒诸疾。
辛味：立即使人感觉刺舌头，流眼泪。能镇赫依、巴达干，升协日；祛风散寒、健胃开郁、通经开窍、燥湿止泻、消肿愈伤。多用于胃温衰弱、消化不良、食欲不振、风寒湿痹、外伤皮疮、寒性浮肿等多种巴达干病。例如：用荜茇补胃温，以辣椒治五雅曼病。用药过量可引起腰酸背痛、血热等赫依病。
涩味：粘舌、粘腭，有粗糙的感觉。降协日，升赫依、巴达干；清热降火、燥湿俞伤、止泻止腐、消肥、泽肤。多用于温病血热、疹毒、泄泻、疮疡肿毒等症，如止泻用五味子，温热症用毛诃子。过量则腹胀便秘、闭窍燥津，可引起心脏疾患等。 药物效能
根据药物独立地降或升三邪的主要秉性，并遵循药味形成原理总结出药物的八种效能，分别为重、腻、寒、钝、轻、糙、热、锐，称为性味八能。八能中重、腻镇轻、细之秉性，降赫依证，升巴达干、协日；寒、钝镇热、锐之秉性，降协日证，升巴达干、赫依；轻、糙镇重、软之秉性，降巴达干，升赫依、协日；热、锐镇寒、钝之秉性，降巴达干，升赫依、协日。 药味转化学说
蒙医认为，饮食或药物进入胃后，遇到胃内巴达干（相当于胃液）、协日（胃温）、赫依（相化于消化运动）等基本物质（称胃三温），即起变化，使其原有的气味改变，这种变化叫药味的转化。不仅在胃内，而且在小肠、大肠，甚至各器官都有，直至消化完了为止。甘味、咸味经转化后，为甘；酸味经转化后仍为酸；苦、辛、涩转为苦。
药味转化学说是蒙医为了尽可能全面解释药物作用原理而提出的一种学说，它解释了药物在体内的复杂效应过程。如荜茇味辛，治疗巴达干等寒性病，但辛味经消化后变成苦，可以降热，因此，对伴有热证的寒性疾病，用荜茇作调理药。
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